První kostel zde stál nepochybně už v roce 1188, kdy pasovský biskup Theobald z Bergu udělil Wichardovi ze Zöbingenu patronátní právo k několika kostelům včetně Bystřice, což znamenalo právo dosazovat do nich kněze a také vlastnictví zdejších osad. Dle získaných informací z archeologického průzkumu (zatím jen omezeného rozsahem na části kolem vítězného oblouku a část lodi) byl původní kostel vyhodnocen jako románská kruhová stavba (rotunda) s apsidou z konce 12. století (někdy po roce 1175), hlavní část s vnitřním průměrem přibližně 13,5 m a tloušťce zdí 2 m v základové části. Na ni navazovala asi apsida, jejíž torzo bylo objeveno v pásu šířky 50 cm podél vítězného oblouku, asi 40-45 cm pod úrovní podlahy o průměru 3 m.
Průzkum probíhal zejména v roce 1997, kdy byla odkryta část základů této stavby, a pak později průzkumem bývalého hřbitova v roce 2002 (s objevem bronzové záušnice z konce 12. století). Završen byl zatím jen zjišťovacím průzkumem v roce 2006 v místě podél vítězného oblouku, kdy byly objeveny jen fragmenty předpokládané apsidy. Základy této stavby jsou skryty pod dlažbou současného kostela, jehož první podoba zde byla vybudována asi v letech 1335-1341, patrně ještě za Viléma z Landštejna, pravděpodobně s použitím zdiva z rozebrané rotundy. Kostel byl jednolodní s presbytářem orientovaným k východu a s věží nad hlavním vchodem od náměstí na západní straně. Z této doby pochází presbytář s pětibokým závěrem, se zachovalými freskami a žebrovými klenbami se svorníky a částí válcových přípor. Z doby výstavby jsou i původní čtyři vysoká gotická okna s lomeným obloukem ve vrcholu a s kamennými kružbami. Jsou ve tvaru dvojité „jeptišky“, již bez chybějícího dělicího svislého sloupku, ve vrcholu s motivem srdce nebo pětilisté růže. Nové vnější vitráže doplňují zevnitř starší vitráže z počátku 20. století (1911) vyrobené v Mnichově. Latinské nápisy jsou k výjevům na vyobrazení, německé nápisy označující dárce (rodina Kernů 1911, rodina Stanků, děkan Bartoš).
Původní loď byla pravděpodobně krytá dřevěným stropem, který shořel s krovem při zapálení města po dobytí husitskými vojsky v roce 1420. Ve 2. polovině 15. století byla k hlavní lodi přistavěna pozdně gotická Kaple mrtvých (také sv. Barbory) s vlastním pětibokým závěrem. S lodí byla propojena původně nejspíš asi malým otvorem rámovaným kamenným ostěním s lomeným obloukem.
Kaple má dvě pole s křížovou pozdně gotickou klenbou a nepravidelný pětiboký závěr s kamennými žebry a svorníky. Tehdy byla pravděpodobně obnovena i poškozená loď. Byla řešena patrně jako dvoulodí na 3 středních pilířích, zaklenutá stejně jako nová kaple, tzn. archaicky z nějakých důvodů obdobně jako presbytář. Zbytky těchto pilířů odkryté při archeologickém průzkumu pod podlahou jsou využity v lodi jako podstavce pod novou menzu a pult, jeden je ve farní zahradě. Rozdílné velikosti profilů mohou znamenat širší náběhy kleneb (viz obdoba – kostel sv. Stefana v Gmündu).
První písemná zmínka v souvislosti s kostelem je ale až z pozdní gotiky z roku 1495, kdy paní Apollonia (Apolena), vdova po Jiřím II. (Krajířovi z Krajku, odkázala kostelu 1000 uherských zlatých kostelu „zu neuen Visteritz“ k založení věčné mše u oltáře P. Marie (v nové kapli). Po požáru města v roce 1651 byl kostel obnoven s novou vyšší věží až v roce 1655. V roce 1678 byla vybudována na evangelijní straně nová barokní sakristie, v patře pak s oratoří panstva s přístupem na kazatelnu. Tehdy byla pravděpodobně zřízena podél lodi empora. Následně v roce 1685 byla uzavřena smlouva, podle které si na ní vyhradili sedadla soukeničtí knapové.
Při dalším požáru v roce 1691 spadla věž a zničila gotickou klenbu lodi. Z přestavby v roce 1692 vzešla nová věž a následně i loď nově již s valenou klenbou v barokním slohu rozšířená o tři boční kaple a boční vchod v letech 1696-1697.
Tyto kaple byly umístěny do nových výklenků prolomením 3 otvorů v původní gotické jižní zdi, gotické opěráky byly patrně ponechány a jen obezděny. Kaple jsou osvětleny půlkruhovými okny s paprskovým členěním příček v rámu. Klenba lodi členěná pasy byla ukončena kladím s toskánskou profilací stejné jako hlavice vynášejících pilastrů ve středu zdvojených. Na západní straně byl současně proveden nový boční vstup do lodi s dlouhou valeně zaklenutou předsíní. Vchod byl opatřen pravoúhlým barokním portálem lemovaný páskem s ušima a kapkami s nadpražním nástavcem (supraportou) s vloženým půlkruhovým oknem.
Výzdobu tvoří symboly papeže, mitra a klíče, po stranách jsou slavatovské růže. Kruchta s varhanami je vynesena valenou klenbou s protilehlými výsečemi, plné vyzděné zábradlí je na povrchu děleno na čtyři panely oddělené svislými pásky lemované po obvodu perlovcem. Kostel opět zničen při dalším velkém požáru města 1774, téhož roku byl obnoven (nápis tesaře na krovu), věž požárem popraskaná byla jen provizorně přikryta, později snesena a znovu postavena již v novější klasicistní podobě v letech 1786-1788.
V podkroví je na věži stále patrný otisk původního pozdně gotického krovu se strmým spádem a původní kamenné římsy, které byly z venkovní strany odsekány. U kostela byl hned od počátku umístěn hřbitov a od zámku oddělen vysokou zdí. Ten později nestačil a byl přemístěn na okraj města vedle nově vybudované hřbitovní renesanční kaple sv. Kateřiny, kde se patrně kolem roku 1566 začalo pohřbívat. V kostele je 20 kamenných náhrobků, z nichž část je přemístěna ze zrušeného hřbitova. Část z nich je již nečitelná, některé čekají na rozluštění. Mobiliář je barokní, pochází většinou z 18. století. V bočním pilíři u Kaple Mrtvých je uloženo srdce Adama Pavla hraběte Slavaty.