V podzemních prostorách muzejních domů, které jsou ukázkou sklepení středověkého domu, je na ploše cca 100m 2 vybudovaná expozice, která v několika ucelených tematických celcích (Geologie střední části Českomoravské vrchoviny, Počátky města, Jihlavské a městské horní právo, Technologie zpracování stříbrných rud, Jihlavská královská mincovna) seznamuje návštěvníka s významnou oblastí a činností v dějinách Jihlavy.